Las principales especies que afectan al ganado son Babesia divergens, Babesia bigemina, Babesia bovis y Babesia mayor. En los caballos la principal especie es Babesia equi (actualmente Theileria equi), en los perros Babesia canis, en los gatos Babesia felis, y en los ratones Babesia microti. En las personas, la mayoría los casos de babesiosis en EE.UU. son causados por Babesia microti a partir de roedores, y en Europa por Babesia divergens y Babesia bovis, a partir del ganado. Estos parásitos suelen denominarse piroplasmas por la forma, parecida a peras (piriforme), que se observan dentro de los eritrocitos parasitados. Especies reconocidas: Babesia bigemina, B. bovis, B. caballi, B. canis canis, B. canis vogeli, B. canis rossi, B. equi [Theileria equi], B. felis, B. gibsoni, B. major, B. microti, B. motasi, B.ovis, B. perroncitoi, B. trautmanni.